Действие сериала разворачивается в 2369-2375 годах на космической станции "Дальний Космос 9", находящейся на орбите только что освобожденной от оккупации Кардассианской Империи планеты Бэйджор.
Волею случая в непосредственной близости от станции обнаруживается пространственная аномалия — коридор, связывающий Бэйджор с Гамма-квадрантом галактики. Это открытие превращает "Глубокий Космос 9" из фактически бесполезной станции в торговый центр.
Совершенно неожиданно через аномалию на орбиту Бэйджора вступают войска нового врага — Доминиона. Станция "Глубокий Космос 9" под командованием Бенджамина Сиско фактически оказывается на передовой военных действий и становится главной опорной точкой войск Федерации и ее союзников...